En 2015, un groupe de 80 chercheurs a utilisé les catégories et critères de la liste rouge des espèces menacées de l'UICN pour produire une première étude mondiale sur le degré de menace et le type de menace qui pèsent sur les espèces de plantes épineuses. Les auteurs de l'étude alertent sur le fait que 31 % des espèces de cactus sont menacés à court ou moyen terme (500 espèces sur les 1 478 recensées, ce qui en fait un des groupes les plus menacés). On pourrait intuitivement penser que le réchauffement climatique favorise les cactus, au moins dans certaines régions du monde, mais selon l'UICN si environ 1/3 des cactus est menacé d’extinction sur la planète, c'est en raison principalement de l'agriculture (conversion des terres pour des cultures), et localement en raison de l'aquaculture (la crevetticulture est en plein développement dans le désert mexicain), ou parfois en raison de conversion de sols arides en plantations agro-industrielles d'Eucalyptus pour la pâte à papier, comme dans le sud du Brésil. Ceci est notamment le cas dans certaines régions du nord du Mexique, d'Amérique centrale et du sud de l'Amérique du Sud. La seconde cause est l'artificialisation des terres par l'urbanisation et les zones d'activités commerciales ou industrielles (surtout dans les zones côtières dont au Mexique et dans les Caraïbes ou dans la péninsule de Baja en Californie). Le commerce illégal des cactus est une troisième menace qui se surajoute aux deux précédemment citées, soutenue par la demande de certains collectionneurs. La pression de cette demande semble jusqu'alors avoir été sous-estimée. L’analyse de l'UICN montre que les zones où ces trois types de menaces coexistent sont souvent aussi celles où l’on trouve le plus grand nombre d’espèces menacées (ex : centre du Mexique et Est du Brésil). Ces données récentes montrent que les pressions anthropiques sur la biodiversité des terres arides ont été sous-estimées. Selon Inger Anderson, directrice générale de l'UICN, «L’ampleur du commerce illégal d’espèces sauvages - y compris de la flore » est aussi en cause, plus que ne le pensait l'UICN. Et elle rappelle que « le trafic d’espèces sauvages concerne bien plus d’espèces que les charismatiques rhinocéros ou éléphants qui attirent l’attention du monde entier ». L’étude montre que « Les points chauds de menace sur ces espèces de cactus ne se chevauchent pas ou peu avec ceux déjà connus pour d'autres groupes taxonomiques », ce qui doit faire reconsidérer les stratégies actuelles de conservation de la biodiversité, en milieu aride notamment. Les régions les plus gravement touchées sont le sud de l’État de Rio Grande do Sul (Brésil) et le nord de l’Artigas (Uruguay), soit une zone d’environ 500 km². Ces zones comptent aussi parmi les principaux « centres de diversité des cactus ». Viennent ensuite les États de Querétaro, de San Luis Potosí, d’Oaxaca et de Puebla dans la région de Tehuacán-Cuicatlán (Mexique), l’Est de l’État de Bahia et le nord du Minas Gerais; ainsi qu’au Chili la partie sud de l’Antofagasta. L’est de l'Uruguay est également touché. Il existe aussi d’autres régions caractérisées par une richesse globale plutôt faible, mais une forte proportion d'espèces menacées: au Guatemala, en Colombie et dans plusieurs régions du Pérou et du Chili. Certaines espèces de cactus dont un grand nombre d'espèces brésiliennes, comme Arthrocereus glaziovii et Coleocephalocereus purpureus ne poussent que sur des sols riches en fer ou sur des inselbergs Canga, qui sont justement très recherchés par l'industrie minière. Ainsi Arrojadoa marylaniae semble condamné à court terme, car ne poussant que sur un substrat de quartz blanc unique menacé par l'exploitation minière. Quelques espèces sont menacées par un surpâturage itinérant. Le commerce national et international des cactus est souvent illégal. L’UICN note que 86 % des cactus menacés utilisés en horticulture proviennent de populations sauvages. Ce commerce illégal a été en partie réduit en 1975 par l’inscription de l'ensemble de la famille (avec quelques exceptions) dans la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore (CITES) sauvages menacées d'extinction et par la disponibilité des plantes cultivées à partir de semences sur les marchés internationaux. Cependant, la collecte continue à menacer des espèces notamment dans les pays où la mise en œuvre de la CITES est incomplète ou récente, comme au Pérou, et elle reste une menace latente pour toute espèce nouvellement décrite. Pour cette raison, les experts ne divulguent plus la localisation précise d’espèces récemment découvertes afin de limiter les collectes insoutenables de graines ou d’individus.